As memórias de Altaïr que Desmond experimenta são do começo do Ano de 1191: Ricardo Coração de Leão recapturou apenas a cidade portuária de Acre para conquistar os muçulmanos. Com uma base das operações estabelecidas, os cruzados preparam-se para marchar para o sul. O seu alvo verdadeiro é Jerusalém - que pretende recapturar para o Cristianismo. Porém as forças muçulmanas estão a se reunir nas ruínas de Arsuf, pretendendo fazer uma emboscada aos cruzados e impedir que alcancem Jerusalém. Quando Ricardo e Saladino combatem um com outro, os homens deixados a governar em seu lugar começam a fazer exame da vantagem de suas posições do poder.
As primeiras experiências de Desmond na memória são aquelas de Altaïr quase assassinando o grão-mestre Cavaleiros dos Templários, Robert de Sable, e recuperam o tesouro da ordem. Devido a isto, Altaïr é demovido a Uninitiated ("Não-iniciado") - o Rank o mais baixo na ordem dos assassinos. Mas Al Mualim, líder dos assassinos, oferece-lhe uma oportunidade de reconquistar a sua honra. Altaïr deve arriscar-se na Terra Santa, assassinar nove homens e explorar as hostilidades criadas pela Terceira Cruzada. Ao fazer isto, estabilizaria a região, permitindo que Mualim Usher viva em uma cidade da paz (seu rank como assassino é devolvido após completar uma missão, ou seja, assassinar o alvo).
Ao longo da trama, Altaïr descobre que seus alvos são definidos mais do que apenas por um interesse compartilhado no ganho pessoal, mas está no fato de os Templários terem como objetivo a união de toda a humanidade sob uma causa comum. Paralelamente, Desmond aprende dos e-mails que lê entre as sessões no Animus, que as indústrias de Abstergo são atualmente dirigidas por Templários modernos, e que ao procurar as localizações de diversos artefatos, conhecidos como as "Pedaço do Éden", eles podem continuar lutando pelos objetivos dos Templários.
Desmond vê que foi sequestrado pela companhia, de modo que possa aprender, com as memórias de Altaïr, onde estão os outros pedaços do Éden, que podem estar enterradas em qualquer lugar do mundo. Encontra também restos da ordem dos assassinos em dias modernos, que tinham tentado recuperar antes que a informação fosse obtida pelos modernos templários.
As memórias de Altaïr revelam finalmente que as tarefas que cumpriu eram uma armadilha dos Templários para semear o desacordo entre os assassinos, os cruzados e os muçulmanos. Ao fazer isto, Saladino e Ricardo Coração de Leão trabalhariam preferencialmente juntos e no processo, trariam a paz para o Templários. Altaïr alcança finalmente Robert de Sable, seu último alvo atribuído, e derrota-o. Robert de Sable revela em suas palavras, morrendo, que o mestre de Altaïr é também um membro do Templários, e tem agora o único poder do artefato, a "Pedaço do Éden" que pode se alterar o que homens podem ver e podem ser usados para a hipnose coletiva (é revelado ao final do jogo que Al Mualim usou Altaïr e os outros da irmandade para matar os homens influentes para ter o controle do reino para ele mesmo).
Altaïr viaja para enfrentar seu mestre, que está armado com a "Pedaço do Éden", tentando alterar a vista de Altaïr, mas cai eventualmente em sua lâmina. Porque Altaïr recupera a "Pedaço do Éden", o dispositivo ativa uma vez mais e revela posições múltiplas no globo de forma holográfica (inclusive duas posições em continentes que já não existem em 2012, o mapa mostra até mesmo a divisão atual dos países em 2012).
Com a memória de Altaïr completa, Desmond acorda fora do Animus para aprender que as indústrias de Abstergo estão enviando as equipes da recuperação para aquelas duas posições e esperam encontrar artefatos adicionais. Em um determinado momento, Desmond lê um e-mail no quarto de conferência que detalha a falha na recuperação de outras três Partes de Eden, tudo tendo por resultado acidentes desastrosos, dois tendo por resultado a experiência de Filádelfia e o evento de Tunguska. O e-mail fala também do Santo Graal, indicando haver evidência insuficiente para confirmar sua existência, e dos "Os Comunicadores Mitchell-Hedges", uma referência aos Mitchell-Hedges do F.A..
Desmond, por não ser mais útil para as indústrias de Abstergo, deve ser silenciado; entretanto, é conservado por Lucy Stillman, que revela ser ela própria uma assassina. Na conclusão do jogo, Desmond "sincroniza" tornando-se como Altaïr, que pode usar a visão de águia (uma espécie de visão empática para ver mensagens escondidas e para ver quem é amigo e quem é inimigo, vermelho=inimigo / azul=amigo / branco=cidadão que possui informações /dourado=alvo), isso se deve ao fato de que após muito tempo no Animus, a psiquê do ancestral e do descendente se misturam, e vê as mensagens rabiscadas através dos assoalhos e das paredes (estas mensagens foram escritas pelo "Subject 16" a última pessoa antes de Desmond (você) a usar o Animus, o indivíduo utiliza o próprio sangue para escrever tais mensagens) que somente pode ver aquele consultar à extremidade do mundo descrito por diversas religiões, entre outras escritas; tais escritas incluem referências ao texto bíblico Apocalipse 22:13 da passagem ("eu sou o Alfa e o Omega, o primeiro e o último, o começo e o fim."), um Lorenz Attractor, o olho da Divina Providência, e das outras escritas em línguas estrangeiras (chinês, alemão...). Adicionalmente, há a data Maia de 13.0.0.0 - 21 de dezembro de 2012, três meses antes o momento em que ocorre o jogo, que representa o último dia do calendário Maia. Com os símbolos Desmond Miles descobre que a "Abstergo" é controlada por Templários atuais. Já que Luci também afirma ser uma assassina, e os templários são contra a sociedade assassina; Luci acorda Desmond e ele se assusta ao ve-la cheia de sangue, ela o força deitar no "animus 1.2" para pegar todas as informações da memória de Desmond e então eles resolvem fugir para um laboratório secreto e caseiro duma amiga de Luci, Rebbeca. Depois Desmond comenta sobre seus problemas com a "eagle vision" (visão de águia). Mais tarde é forçado a experimentar o "animus 2.00". Quando Desmond entra nele ele ve uma sala branca cheia de riscos formando "cubos tridimensionais"(como se fosse o limbo) e então acontece uma grande explosão, que vai montando uma cidade ( Republica Fiorentina, em 1476). Então aparece um novo personagem, Ezio, que faz uma reunião com os seus amigos, mas leva uma pedrada de seus inimigos do outro lado, então eles decidem lutar mas o que Ezio e nem os outros, nem mesmo seu próprio irmão ( Frederico) sabem é que Ezio tem um assassino dentro de si, ele já começa o jogo com abilidades assassinas, já que Desmond já estava acostumado com Altair, e seu irmão também ja conseguia fazer le parkour já que o que Ezio e Frederico não sabia é que seu pai já era um assassino, depois que seu pai morreu Ezio começou a se tronar o assassino. Depois disso Desmond teve de esquecer Altair.
Desmond:
Altair:
Ezio Auditore: